En voulant ressusciter leur mère, Edward et Alphonse Elric vont utiliser une technique interdite relevant du domaine de l’alchimie : la transmutation humaine. Seulement, l’expérience va mal tourner : Edward perd un bras et une jambe et Alphonse son corps, son esprit se retrouvant prisonnier d’une armure. Devenu un alchimiste d’Etat, Edward, surnommé « fullmetal alchimiste », se lance, avec l’aide de son frère, à la recherche de la pierre philosophale, leur seule chance de retrouver leur état initial. Ils commencent à enquêter sur un étrange homme, « le fondateur » qui passe pour un faiseur de miracles…